El programa de posgrado en maestría en ciencias en Acuicultura está diseñado con una estructura semiflexible con el fin de proporcionar al estudiante una sólida preparación general y la opción de profundizar en alguna área del conocimiento dentro del campo de la acuicultura. Esta semiflexibilidad ayudará a asegurar que los estudiantes egresen con una visión amplia de la problemática acuicultural y las herramientas necesarias para atender con eficiencia las necesidades generales del sector acuícola y una especialización en el área de su interés. Además, este programa da a los estudiantes la oportunidad de prepararse para seguir un programa de doctorado si así lo desean.

Las asignaturas son optativas para que el estudiante profundice en las diferentes áreas de especialización de la acuicultura de acuerdo con sus intereses y orientación del director de tesis y Comité de Tesis (CT). Además se imparte un seminario de tesis de carácter obligatorio diseñado para que los estudiantes formulen el anteproyecto de tesis. Esta modalidad de cursos optativos va encaminada a satisfacer la necesidad de flexibilidad y especialización que el desarrollo sustentable de la acuicultura requiere en el mundo actual.